2018-11-07 09:19:44 +0000 2018-11-07 09:19:44 +0000
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なぜ医学のモデリングが一般人のコンピュータに分散されているのか

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インターネット上には World Community Grid のような病気の治療法を見つけようとする分散コンピューティングのプロジェクトがありますが、なぜそのようなものがあるのでしょうか?なぜそのようなものがあるのか、どのような有用性があるのか、どなたか教えてください。というか、真面目に研究している人なら、大学のネットワークやスパコンを使ってモデリングをすることができると思います。では、通常のコンピュータにモデリングを広めようというのはどういうことでしょうか?医学のモデリングには、大学のコンピュータでは計算能力が足りないほどのコンピュータパワーが必要なのでしょうか?

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回答 (1)

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2018-11-07 11:22:05 +0000

スーパーコンピュータが研究者や大学でどれだけ容易に利用できるかは知りませんが、あなたの質問の答えの大部分はコストの問題であると想像しています。

スーパーコンピュータ対分散コンピューティングプロジェクト

コンピュータの性能は、 FLOPS (Floating Point Operations Per Second) で測定され、2018年6月には、エネルギー省(DOE)のオークリッジ国立研究所(ORNL)で現在稼働しているIBM製のスーパーコンピュータ Summit が、最速のコンピュータ性能で1位の座を獲得しました  122. 3 petaFLOPSで、petaが1015である LINPACKベンチマーク 。家庭用PCと比較すると、2,000ドルのコストで可能な限り最速の家庭用PCプロセッサは、 約1テラフロップス (テラは1012)を提供しています。このプロジェクトの主な目的は、タンパク質が最終的な三次元構造に到達するまでの過程であるタンパク質フォールディングのメカニズムを解明し、タンパク質のミスフォールディングの原因を調べることです。これは、アルツハイマー病やハンチントン病、がんなどの医学研究に大きな意味を持つ学術的にも大きな関心を集めています。また、タンパク質の最終構造を予測し、他の分子がどのように相互作用するかを決定することも試みており、これはドラッグデザインへの応用も可能です。Folding@homeは、スタンフォード大学のパンデ研究所によって開発・運営されています

[…]

2000年10月1日の開始以来、パンデ研究所はFolding@homeの直接の成果として、200件の科学研究論文を発表しています [参照 [https://foldingathome. org/papers-results]]](https://foldingathome.org/papers-results])

https://stats.foldingathome.org/os で Folding@home によって提供された統計によると、彼らのプロジェクトは 47,344 の Native teraFLOPS または 98,747 の x86 teraFLOPS の合計性能を提供しているとのことです。

注意してほしいのは、これらのテラフロップスの値はソフトウェアコアからのものであり、CPU/GPUスペックからのピーク値ではないということと、これらの数字は、2016年にLINPACKベンチマークで93ペタフロップスで世界最速にランク付けされた中国のSunway TaihuLightの性能を上回っただけであるということです。

Cost

IBMs Summit Supercomputer cost to build $200 million 、WikipediaによるとSunway TaihuLightは$273 millionとなっています。Folding@homeが提供する計算性能はボランティアによって提供されていることを考えると(システムは無料です)、提供されている計算能力は目を背けてはいけないことは間違いありません。

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