便検査糞便カルプロテチンを使用して、潜伏性腸炎のスクリーニングを行うことができます。しかし、正常な検査では炎症性腸疾患を除外することはできず、陽性の場合はその可能性が高くなります。カプセル内視鏡検査 ](http://www.mayoclinic.org/tests-procedures/capsule-endoscopy/basics/why-its-done/prc-20012773)は、ピルに入ったカメラを飲み込んで、腸の中を撮影する方法です。炎症性腸疾患の診断にも役立ちます。
クローン病の診断には、内視鏡検査（胃十二指腸鏡検査、胆管結腸鏡検査）が第一選択の検査となります。内視鏡的寛解（粘膜病変の治癒）と臨床的寛解（症状の消失）は必ずしも相関しないため、これまでの症状からクローン病の疑いが非常に高い場合には、内視鏡検査が第一選択の診断検査として適応となります。
例えば、アシュケナージ系ユダヤ人の21歳の男性がクローン病を患っており、2人の姉妹が1年前に血性下痢を発症しており、血液検査で貧血とB12欠乏症であることが判明したとします。
他の回答にもあるように、炎症の糞便マーカー（糞便カルプロテチン）と炎症の血清マーカー（ESR、CRP）を使用することができます。この場合、これらのマーカーの有用性は、疾患の疑いがかなり低く、内視鏡検査の必要性を回避することが目的であれば、「除外」検査となるだろう。これらのマーカーが陰性で、症状がない場合は、症状が再び現れるまで内視鏡検査の実施を延期することが適切かもしれません。CTとMRIはまた、これらは間違いなく症状と一緒に表示されますが、瘻孔、膿瘍、または腸穿孔などのクローン病の他の合併症を定義することができます。
Ref: [ Inflamm Bowel Dis. 2013 Jul;19(8):1645-53.