Does antibiotics weakaken immune system or causes Fever

If your popping antibiotics daily, prescribed by your doctor, he asked you asked you to revisit after two months and warned you to ignore any fever symptoms during these two months. 抗生物質を服用している間に発熱（悪寒を伴う）が予想されるかどうかだけでも気になるところです。抗生物質は善玉菌も悪玉菌も殺すとどこかで読んだことがあるのですが、2ヶ月間飲み続けると免疫力が弱くなるということでしょうか？抗生物質を服用中のアドバイス/注意点があれば教えてください。

ありがとうございます。